Χλωρίδα

Η νησιωτική απομόνωση της Καρπάθου, πάνω από 2 εκατομμύρια χρόνια, συντέλεσε στην παρουσία ενός σημαντικού αριθμού σπάνιων και ενδημικών ειδών μερικά από τα οποία δεν απαντώνται πουθενά αλλού στον κόσμο. Σήμερα, στο βόρειο τμήμα του νησιού και στη Σαρία όπου λόγω του έντονου ανάγλυφου οι ανθρώπινες παρεμβάσεις υπήρξαν περιορισμένες, συναντώνται τα περισσότερα από τα σπάνια και ενδημικά είδη της Καρπάθου.

Μέχρι σήμερα έχουν καταγραφεί 87 είδη στην περιοχή Β. Καρπάθου – Σαρίας, που θεωρούνται σημαντικά, καθώς είναι ενδημικά, σπάνια, ή απειλούμενα. Τα είδη: Αριστολοχία η κρητική (Aristolochia cretica), Καμπανούλα της Καρπάθου (Campanula carpatha), Καμπανούλα η πινάτσιος (Campanula pinatzii), Δίανθος ο θαμνώδης ή αγριογαρύφαλλο (Dianthus fruticosus ssp.  carpathus), Ερύσιμον το κάντειον (Erysimum candicum ssp. carpathum), Όφρυς η αιγαιακή (Ophrys aegaea), είδος φλώμου ή ασφάκας (Phlomis pichleri) και Σιληνή η αμμόφιλος της Καρπάθου (Silene ammophila ssp. carpathae) είναι τοπικά ενδημικά του συμπλέγματος Καρπάθου – Κάσου.

Τα είδη: ασκόλυμπρος (Centaurea raphanina ssp. raphanina), Κρεπίς η κρητική - είδος πικραλίδας (Crepis cretica), είδος βαλσαμόχορτου (Hypericum cuisinii), Παιώνια η κλούζεια (Paeonia clusii ssp. clusii), Σέδον το κρητικόν (Sedum creticum), Σέδον το κρητικόν, ποικιλία το μονοκαρπικόν (Sedum creticum monocarpicum), Σενέκιο το γναφαλοειδές (Senecio gnaphalodes), Στάχυς ο ακιδωτός (Stachys mucronata), Στερνβεργία η γρωϋτέριος (Sternbergia greuteriana), Τεύκριον το χαρίεν (Teucrium gracile), είδος άγριου τριφυλλιού (Trifolium praetermissum) και είδος βαλεριάνας (Valeriana asarifolia) είναι ενδημικά της Κρητικής περιοχής (Κάρπαθος, Κάσος, Κρήτη και νησίδες).

Ενδεχομένως τα είδη αυτά να υποτιμούν την πραγματικότητα καθώς υπάρχουν εξαιρετικά δυσπρόσιτες περιοχές οι οποίες δεν έχουν ερευνηθεί επιστάμενα.

Άλλα σημαντικά είδη, σπάνια και ενδημικά, που απαντώνται στη περιοχή είναι τα εξής:  Κρεπίς η φράζειος (Crepis fraasii),  Λίνον το δενδρώδες (Linum arboreum), Λομελοσία η ποικιλόφυλλος – είδος κουφολάχανου (Lomelosia variifolia), Σιληνή η κυαμοειδής (Silene fabaria) και Σιληνή του Χόλτσμαν (Silene holzmanii) που περιλαμβάνεται στο Παραρτήμα ΙΙ της Οδηγίας 92/43.

Φρύγανα - Θαμνώνες

Τα φρύγανα και οι θαμνώνες αποτελούν την κυρίαρχη βλάστηση στην προστατευόμενη περιοχή καθώς απαντώνται σε όλη σχεδόν την έκτασή της. Ειδικά τα φρύγανα αποτελούν την μοναδική ζώνη βλάστησης στο δυτικό τμήμα της Β. Καρπάθου και στο βόρειο και δυτικό τμήμα της Σαρίας. Χαρακτηριστικά είδη είναι η αστοιβή (Sarcopoterium spinosum), η ασφάκα ή φλώμος (Phlomis sp.), το θυμάρι (Coridothymus capitatus), η ακανθόθαμνος Ευφόρβια ή γαλαστοιβή (Euphorbia acanthothamnos), η λαδανιά (Cistus creticus), το αμάραντo (Limonium carpathum), η δενδρώδης Ευφόρβια (Euphorbia dendroides), το αγριοκυπάρισσο ή φίδα (Juniperus phoenicea) κ.ά.

 
Πευκοδάσος

Στις ανατολικές πλαγιές της Β. Καρπάθου καθώς και στις νότιες πλαγιές της Σαρίας αναπτύσσονται αντιπροσωπευτικά και σε καλή κατάσταση διατήρησης δάση με τραχεία πεύκη (Pinus brutia). Το 1983, λόγω της μεγάλης φωτιάς στη περιοχή, ένα μεγάλο μέρος του πευκοδάσους καταστράφηκε. Σήμερα οι εκτάσεις αυτές παρουσιάζουν ικανοποιητική αναγέννηση. Ο υποόροφος του πευκοδάσους αποτελείται κυρίως από θαμνώδη είδη όπως μαστιχοφόρο σχίνο (Pistacia lentiscus), χαρουπιά (Ceratonia siliqua), ράμνος (Rhamnus lycioides), θυμάρι (Coridothymus capitatus) κ.ά.

Τραχεία πεύκη (Pinus brutia): Κωνοφόρο δέντρο που ανήκει στην οικογένεια των πευκιδών. Το ύψος της συνήθως κυμαίνεται από 15 – 20 μ. και σπανιότερα φτάνει τα 30 μ.