Προστατευόμενη περιοχή

Η χερσαία και θαλάσσια έκταση της προστατευόμενης περιοχής καταλαμβάνει έκταση 154 km2, περικλείοντας το βόρειο τμήμα της Καρπάθου και το νησί της Σαρίας στο βόρειο άκρο της Καρπάθου. Τα δύο νησιά χωρίζονται από μία  στενή θαλάσσια λωρίδα η οποία δεν ξεπερνά τα 100 m σε πλάτος και τα 80 m σε βάθος.

Η περιοχή, στο μεγαλύτερο τμήμα της, είναι ιδιαίτερα ορεινή, με βαθιές χαράδρες, ρέματα και έντονο ανάγλυφο με μεγάλες κλίσεις, ενώ οι ακτές είναι απότομες, βραχώδεις και ενίοτε πευκόφυτες. Κυρίαρχη βλάστηση είναι τα φρύγανα, ενώ κατά μήκος των ανατολικών ακτών αναπτύσσονται συστάδες πευκοδάσους τραχείας πεύκης.

Στο βορειοδυτικό τμήμα του νησιού βρίσκεται ο όρμος του Τριστόμου, ένα από τα πιο σημαντικά τμήματα της θαλάσσιας έκτασης της προστατευόμενης περιοχής. Το Τρίστομο είναι κλειστός όρμος με φυσικό λιμάνι και δύο μεγαλοπρεπείς βράχους στα δύο άκρα της εισόδου του. Το θαλάσσιο υπόστρωμα του κόλπου είναι μαλακό και αμμώδες εσωτερικά, ενώ εξωτερικά είναι σκληρό. Στο σκληρό υπόστρωμα συναντάται σε μεγάλους πληθυσμούς το δίθυρο Arca noae, ενώ το εσωτερικό λασπώδες υπόστρωμα φιλοξενεί σημαντικό πληθυσμό του δίθυρου Pinna nobilis (κοινώς Πίνα).

Η νήσος Σαρία χαρακτηρίζεται από απότομους γκρεμούς, λιθοσύρσεις (σάρες) και βραχώδεις ακτές. Κατά μήκος της ακτογραμμής εντοπίζονται επιφανειακές και υποθαλάσσιες σπηλιές, που αποτελούν κατάλληλα καταφύγια για τη Μεσογειακή φώκια. Στη χερσαία έκταση απαντώνται εκτεταμένοι θαμνώνες, φρύγανα, συστάδες δάσους τραχείας πεύκης καθώς και μεμονωμένες εκτάσεις εγκαταλελειμμένων ελαιοκαλλιεργειών. Η υψηλότερη κορυφή της Σαρίας είναι το Παχύ Βουνό με 631 m υψόμετρο. Ολόκληρο το νησί έχει χαρακτηριστεί ως Σημαντική Περιοχή για τα Πουλιά της Ελλάδας σύμφωνα με την οδηγία 79/409/ΕΕC, φιλοξενεί πολλά σπάνια και ενδημικά είδη φυτών και ζώων αλλά και παρουσιάζει μεγάλη αρχαιολογική αξία. Ειδικότερα, στο βορειανατολικό τμήμα του νησιού, κοντά στον όρμο «Παλάτια» εντοπίζονται αρχαιολογικές θέσεις με ερείπια παλαιοχριστιανικών ναών.